バイトをやめた

過去のblogから移動しました 元公開日時 2017-08-06 12:37:34

いわゆる退職エントリです。

大学でRとbashで遺伝子データの解析を1年超やってました。
辞めた理由は1ヶ月のインターンに行くためです。
インターンの後も学部3,4回生はそれなりに忙しいのもあります。
学部生は大学で働いても専門性が加味されず,
あんまりお金にならない。

遺伝子学の分野は実験(WET)と解析(DRY)の混合になります。WETとDRY両方に精通している人間は多くないようです。僕はもちろんDRY。実験室は一度見たきり。

マウスやヒトのリファレンスゲノムってかんたんにダウンロードできるんです。ヒトの実際のAやらGやらCやらTやらを眺めるのは面白かったです。自分もこれとほとんど同じなの不思議に感じます。あと, 誰の遺伝子なんだろう。リファレンスゲノムは時々アップデートされるので, 誰か1人のというわけではなさそう。

辛かったのはR言語。Rを使う必要が何故あるのかというと, 生物系のRのライブラリリポジトリがあり, そこのライブラリにはたいてい論文がついています。代わりが効きにくいのです。

Rに触れた最初はかなり苦痛でした。言語仕様と標準ライブラリはもれなくクソです。tidyverseライブラリ群にはかなり救われました。tidyverseとforeach使ってればRはマスターしたと言っていいと思います。(あといくつかの統計的モデルのライブラリが必要)

tidyverseを使う中でRはメタプログラミング言語という事に気づきました。Rの文法は流行らなかったと言われるLispのM式なのです。なので, ifも関数です。ということはRは数少ない遅延評価言語なのです。

実際に一番苦労させられたのはコマンドラインで走る雑多なDRYツール群です。Bashで長大な実験パイプラインを作るのに苦労しました。前任者の悲惨なコードを目の当たりにしていたので, かなり気を使いました。DRYの実験でgitで管理してる人間は存在するのだろうかみたいな世界観です。大変気を張ります。

雑多なツール群でめんどくさいのは, コマンドラインの引数のパーサが色とりどりすぎる点です。ハイフンが1個だったり2個だったり。引数の数が5を超えると覚えてられずにすぐに忘れます。必須なオプションって矛盾してると思うんですがどうなんでしょう。コマンドラインオプションを間違えると1,2日走らせていた実験が失敗するのも悲しいですね。シェルスクリプトの強いLinterがほしい。

色々愚痴りましたが, 別の世界観を垣間見れたのは悪いことでなかったと思います。明日から普通の情報系のコミュニティーに戻ります。インターン頑張ります。

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